L'idea di creare in Verona una Fondazione museale con sede nel palazzo Miniscalchi, trasformando la dimora gentilizia in museo, maturò nella prima metà degli anni Cinquanta nell'ultimo rappresentante del casato, il conte Mario. Egli, privo di discendenza diretta, volle preservare al decoro cittadino, da una dispersione altrimenti inevitabile, sia l'antica dimora sia le collezioni attinenti all'arte e alla storia in essa conservate, collegandosi idealmente agli esempi antichi e prestigiosi delle Fondazioni Poldi Pezzoli di Milano, Querini Stampalia di Venezia, Horne e Stibbert di Firenze.
Il conte Mario Miniscalchi fece obbligo col proprio testamento alla propria erede universale, figlia del fratello Emilio, di costituire una Fondazione a scopo educativo e culturale da intitolarsi "Museo Miniscalchi-Erizzo". Ad essa egli lasciava a titolo di legato l'avito palazzo di via San Mammaso e il grandioso edificio classicheggiante di via Giuseppe Garibaldi, nonché parte degli arredi e le collezioni di interesse storico, artistico, archeologico in esso contenute, dettando altresì le norme dello statuto che avrebbe dovuto reggere la Fondazione. Tutto il dispositivo testamentario fu subordinato a usufrutto in favore della consorte del conte. Questi morì il 12 novembre 1957. Grazie all'assiduo interessamento dell'arch. prof. Piero Gazzola, allora Soprintendente ai Monumenti di Verona, la Fondazione "Museo Miniscalchi-Erizzo", che era stata costituita il 30 aprile 1964, venne eretta in ente morale dal Presidente della Repubblica Italiana con decreto n. 694 del 30 aprile 1965.

Raffigurazione allegorica delle nozze tra Marcantonio Miniscalchi
e Teresa Moscardo (1785): la sposa portò in dote ciò che rimaneva
del domestico museo dell'avo Ludovico Moscardo.

La Fondazione divenne giuridicamente operante, entrando nel possesso dei beni ad essa legati, alla morte della vedova del conte Mario il 25 marzo 1977.
La primitiva, suggestiva ipotesi di creare un museo d'ambiente si dimostrò ben presto irrealizzabile sia per il numero molto esiguo degli arredi e dei complementi d'arredo domestico legati alla Fondazione sia per la loro eterogeneità. L'attenzione si spostò allora più segnatamente sulle raccolte tramandate. Grazie a una laboriosa schedatura preliminare degli oggetti fu possibile accorpare l'imponente materiale entro alcune sezioni principali: grafica antica, bronzistica rinascimentale, arte sacra, archeologia, armi e armature antiche, arti decorative, numismatica e sfragistica, pittura, arredi, libri, archivio. Ogni sezione, poi, fu a sua volta articolata in rapporto sia alla tipologia sia alla cronologia degli oggetti in esposizione.
Giova precisare, a questo punto, l'origine delle raccolte pervenute alla Fondazione. Si tratta di collezioni eclettiche, diversamente confluite nella famiglia Miniscalchi nell'arco di oltre tre secoli . Il nucleo principale e più antico è rappresentato da moltissimi oggetti appartenuti al domestico "museo" - oggi lo si definisce cabinet des merveilles - di Ludovico Moscardo (Verona, 1611-1681). Vi sono poi altri nuclei di provenienza che rimandano a famiglie che storicamente si legarono in parentela con i Miniscalchi, come gli Erizzo e i Pullè.

Resti di affreschi dei secc. XIII e XIV in un passaggio del pianterreno.

È evidente che un "Museo Miniscalchi-Erizzo" non è mai esistito, dal momento che le collezioni approdarono nel palazzo attraverso i meccanismi, spesso complicati, delle successioni ereditarie tra nobili famiglie e non sono legate alla personalità di un unico collezionista, alle sue scelte, al suo gusto.
Si spiega bene, dunque, il carattere eclettico delle raccolte e si intuisce il lungo lavoro filologico compiuto per ricercare all'interno di esse alcuni fili conduttori seguendo i quali creare un vero museo, nuovo di zecca, con quanto era stato variamente tramandato nel tempo.
Una volta abbozzato il piano organico delle sezioni del costituendo museo, si rese necessario un non meno attento studio nel rapporto tra il contenitore - cioè le stanze del palazzo, abitate dalla famiglia fino al 1977 - e i contenuti, al fine di integrare armonicamente l'uno con gli altri, senza dimenticare, nel progetto di sistemazione scientifica delle collezioni, di conservare per quanto possibile il sapore della dimora nobiliare agli ambienti che nei secoli avevano svolto funzioni residenziali.
Il Museo Miniscalchi venne inaugurato solennemente il 30 marzo 1990 dopo lunghi anni di lavoro, che videro la Fondazione impegnata su più fronti: i restauri architettonici e ambientali, quelli artistici, gli allestimenti, la dotazione di impianti a norma necessari nella trasformazione del palazzo da casa privata a luogo aperto al pubblico; il tutto passando attraverso la graduale riqualificazione del proprio patrimonio immobiliare dai cui cespiti la Fondazione trae le risorse che consentono il funzionamento del museo stesso.